De directie van het Wereld Natuur Fonds Nederland (WWF-NL) wordt gevormd door Jelle de Jong als algemeen directeur (CEO) en Joukje Janssen als operationeel directeur (COO). De taken en bevoegdheden van de CEO en COO zijn vastgesteld in de statuten en het huishoudelijk reglement. De twee directieleden zijn samen verantwoordelijk voor de strategische en operationele aansturing van WWF-NL.

WWF-NL hanteert een Raad van Toezicht-model. De Raad van Toezicht (RvT) houdt het beleid van het bestuur en de algemene gang van zaken in de organisatie in de gaten. Ook adviseert de Raad de directie en het managementteam – gevraagd en ongevraagd – over de grote lijnen van het beleid. De taken en bevoegdheden van de Raad zijn vastgelegd in de statuten en het reglement Raad van Toezicht.